Potrzebujemy pakietu ntpdate. Instalujemy go wykonując prostą komendę (ubuntu/debian):
apt-get install ntpdate

Należy utworzyć plik o dowolnej nazwie (ja nazwałem swój skrypt run_ntpdate, wszystkie napisane przeze mnie skrypty w systemie nazywam run_).
Wpisać do środka poniższą treść:

#!/bin/bash
# wrzucic do /etc/cron.daily
# synchronizowanie zegara
echo Synchronizowanie zegara
ntpdate pl.pool.ntp.org
hwclock --utc --systohc

Następnie jako root (lub sudo) przekopiować plik do
/etc/cron.daily

Sprawa jest banalna, ale jakby ktoś nie wiedział